晨起手指关节疼痛肿胀的原因有以下几点：
1.类风湿关节炎：是一种自身免疫性疾病，以侵蚀性、对称性多关节炎为主要临床表现。其病因尚不明确，可能与遗传、感染、性激素等有关。类风湿关节炎可发生在任何年龄，好发于35-50岁女性，典型表现为对称性、多关节肿胀、疼痛、畸形，晨僵常达1小时以上。此外，还可能伴有发热、贫血、皮下结节等表现。
2.骨关节炎：又称增生性关节炎、退行性关节炎，是一种最常见的关节疾病。其病因尚不明确，可能与衰老、肥胖、炎症、创伤、遗传等因素有关。骨关节炎可发生在任何年龄，多见于中老年人，好发于负重关节及活动量较多的关节，如颈椎、腰椎、膝关节、髋关节等。主要表现为关节疼痛、肿胀、畸形、活动受限，晨僵时间一般较短。
3.痛风：是一种嘌呤代谢紊乱和（或）尿酸排泄障碍所致的血尿酸增高的代谢性疾病。其病因与嘌呤代谢紊乱、尿酸排泄减少、尿酸生成过多等因素有关。痛风可发生在任何年龄，男性多于女性，常与肥胖、糖尿病、高血压、血脂异常等并存。痛风急性发作时，多在夜间突然发病，受累关节剧痛，首发关节常累及第一跖趾关节，其次为踝、膝、肘、腕、指、趾等关节。红肿、灼热、剧痛，活动受限。多于数天或2周内自行缓解。首次发作多为单关节炎，部分患者发作前可有高嘌呤饮食、饮酒、劳累、局部创伤等诱因。
4.感染：细菌、病毒、真菌等感染均可引起关节炎，如化脓性关节炎、结核性关节炎、莱姆关节炎等。这些感染性关节炎可导致关节红肿、疼痛、活动受限，严重时可出现发热、寒战等全身症状。
5.其他：系统性红斑狼疮、干燥综合征、强直性脊柱炎等自身免疫性疾病，以及创伤、劳损、内分泌紊乱等也可引起晨起手指关节疼痛肿胀。
如果出现晨起手指关节疼痛肿胀，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，应注意休息，避免手指关节过度活动和负重，注意保暖，避免寒冷刺激。