早晨起来手指关节肿胀疼痛，可能是以下原因引起：
1.类风湿关节炎：是一种自身免疫性疾病，以侵蚀性、对称性多关节炎为主要临床表现。其病因尚不明确，可能与遗传、感染、性激素等有关。类风湿关节炎多发生在35-50岁女性，典型表现为手指、腕、肘、膝、踝等关节对称性肿胀、疼痛，伴有晨僵，可伴有低热、乏力、脱发、皮疹等症状。
2.骨关节炎：是一种退行性病变，与衰老、肥胖、劳损、创伤、炎症等有关。好发于负重较大的膝关节、髋关节、脊柱等部位。手指骨关节炎常发生在远端指间关节，表现为关节肿胀、疼痛、畸形，屈伸活动受限。
3.痛风：是一种嘌呤代谢紊乱所致的疾病，与血尿酸升高有关。痛风可累及多个关节，以第一跖趾关节、跗跖关节、踝关节等最常见。痛风急性发作时，关节局部可出现红肿、热痛、功能障碍，常在夜间或清晨突然发作，疼痛剧烈。
4.感染：如化脓性关节炎、结核性关节炎等，可导致手指关节肿胀、疼痛。
5.其他：如系统性红斑狼疮、干燥综合征、银屑病关节炎等自身免疫性疾病，以及创伤、腱鞘炎、肿瘤等，也可引起手指关节肿胀、疼痛。
如果出现早晨起来手指关节肿胀疼痛，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。同时，应注意休息，避免手指关节过度活动和劳累，注意保暖，避免受寒。