免费疫苗和自费疫苗的主要区别在于费用承担方和预防的疾病种类。
免费疫苗是指由政府免费提供、公民依照政府规定受种的疫苗，主要包括卡介苗、乙肝疫苗、脊髓灰质炎疫苗等。这些疫苗针对的疾病通常具有较高的传染性和严重的危害性，如结核病、乙型肝炎、脊髓灰质炎等。
自费疫苗则是由公民自费并且自愿受种的其他疫苗，如流感疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗等。这些疫苗针对的疾病虽然不像免费疫苗所预防的疾病那样具有强烈的传染性，但也可能会对个人健康造成较大影响，如流感、水痘、肺炎等。
需要注意的是，虽然自费疫苗需要个人自费接种，但并不是可种可不种。在经济条件允许的情况下，建议根据个人的健康状况和需求，选择适合的自费疫苗进行接种，以增强对相关疾病的免疫力。同时，无论接种免费疫苗还是自费疫苗，都应该选择正规的医疗机构，并按照医生的建议进行接种。