主要区别在于费用承担方不同。免费疫苗是国家免费提供的，公民应当依照政府的规定受种；自费疫苗是自愿受种的其他疫苗，公民自费并且自愿受种。
此外，两者在以下方面也存在区别：
1.管理部门：免费疫苗由国家卫生健康主管部门统一管理；自费疫苗由省级卫生健康主管部门组织遴选，并公布相关疫苗的采购信息。
2.接种方式：免费疫苗通常在社区卫生服务中心或乡镇卫生院接种；自费疫苗可在具有资质的预防接种单位接种。
3.疫苗种类：免费疫苗主要包括卡介苗、乙肝疫苗、脊髓灰质炎疫苗等；自费疫苗种类较多，如流感疫苗、水痘疫苗、手足口病疫苗等。
4.接种对象：免费疫苗主要针对儿童；自费疫苗的接种对象较为广泛，包括成人和儿童。
5.效果和安全性：免费疫苗和自费疫苗在效果和安全性上没有明显差异，都需要经过严格的临床试验和监管。
需要注意的是，虽然自费疫苗是自愿接种的，但有些自费疫苗对于特定人群来说是非常重要的，如流感疫苗对于老年人和儿童来说可以有效预防流感及其并发症。在选择接种疫苗时，应根据个人的健康状况、年龄、生活环境等因素进行综合考虑，并咨询专业的医生或预防接种人员的建议。同时，无论接种哪种疫苗，都应按照疫苗接种程序进行，以确保获得最佳的免疫效果。