自费疫苗和免费疫苗最主要的区别在于费用来源和覆盖范围。免费疫苗是由政府出资采购，比如乙肝疫苗，新生儿出生24小时内就会接种第一针，这类疫苗针对的是一些常见且对人群健康威胁较大的疾病，全国范围内免费为适龄儿童接种；而自费疫苗是家长自愿付费接种的，价格相对较高，像五联疫苗，一针大概几百元，它可以预防多种疾病，如白喉、百日咳、破伤风、脊髓灰质炎和b型流感嗜血杆菌感染等，覆盖的疾病种类相对更有针对性，可根据孩子的健康状况、家庭经济情况等选择接种。
疫苗的资金来源
免费疫苗：资金由国家财政负担，按照国家免疫规划程序为适龄儿童免费提供接种。例如国家规定的一类疫苗，像卡介苗、脊髓灰质炎灭活疫苗等，都是通过财政拨款来保障采购和接种费用。自费疫苗：费用是由接种者个人或家庭承担，家长根据孩子的健康需求和经济状况自主选择是否接种。
覆盖的疾病种类
免费疫苗：主要针对一些发病率高、对儿童健康威胁较大的传染性疾病，目的是建立群体免疫屏障，预防大规模传染病的爆发。比如麻疹疫苗，接种后能有效预防麻疹的发生。自费疫苗：覆盖的疾病相对更具选择性，有些是针对特定地区高发的疾病，像在某些流行出血热的地区，会有出血热疫苗可以选择接种；还有一些是针对特定人群容易接触到的病原体，比如肺炎球菌疫苗，能预防肺炎球菌引起的肺炎等疾病，适合抵抗力较弱的儿童、老年人等接种。
接种的程序灵活性
免费疫苗：接种程序是严格按照国家免疫规划程序来进行的，必须在规定的时间内接种相应的疫苗，以保证儿童能及时获得免疫保护。例如乙肝疫苗，按照0、1、6个月的程序接种。自费疫苗：接种程序相对灵活，家长可以根据自己的安排选择接种时间，而且不同的自费疫苗接种程序也不一样，有的可能只需要接种一剂，有的可能需要接种多剂次，间隔时间也有不同的要求。比如流感疫苗，每年都需要根据流感流行情况接种，接种时间可以根据孩子的身体状况来选择合适的时间段。