怀孕两个月出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胎儿发育尚不稳定，过度劳累、剧烈运动、性生活、孕酮或人绒毛膜促性腺激素水平低等因素，可能会导致先兆流产，出现褐色分泌物，还可能伴有阵发性下腹部疼痛。如果不及时治疗，可能会发展为难免流产。如果经超声检查提示胚胎发育良好，需要注意休息，减少活动，禁止性生活，在医生的指导下使用黄体酮、地屈孕酮等药物保胎治疗。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床，称为异位妊娠，俗称宫外孕。以输卵管妊娠最常见。异位妊娠的患者，也可能会出现停经后阴道少量流血，色暗红或深褐，常伴有不同程度的腹痛。如果确诊为异位妊娠，需要及时治疗，根据病情的严重程度，可选择期待治疗、药物杀胚治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，病因尚不清楚。停经后阴道流血是葡萄胎的主要症状，多为间歇性阴道流血，量多少不定，血液可呈暗红色或鲜红色，还可能排出水泡样组织。确诊后需要及时清宫，并定期复查血HCG水平，直至正常。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管腺体和间质的局限性增生，并向宫颈外口突出形成息肉。息肉质地脆弱，触之易出血，可表现为同房后出血或阴道分泌物带血，也可能出现褐色分泌物。较小的宫颈息肉一般不需要治疗，但需要定期复查。如果息肉较大，或出现明显症状，可在医生的指导下进行息肉摘除术，并送病理检查。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、宫颈癌等也可能会导致怀孕两个月出现褐色分泌物。
需要注意的是，褐色分泌物可能是一种危险的信号，也可能是一种正常的生理现象。如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如超声检查、血HCG水平测定、妇科检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，在孕早期，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，合理饮食，按时产检。