肝内胆管结石3mm一般不会自愈。肝内胆管结石是指左右肝管汇合部以上各分枝胆管内的结石，可局限于某一区域，也可弥漫分布于肝内胆管系统。其形成原因与胆道感染、胆道梗阻、胆道寄生虫等有关。
对于直径小于0.6cm的胆管结石，如果没有引起胆道梗阻和感染，且患者没有明显症状，可暂时不进行治疗，但需要定期进行超声检查，以观察结石的大小、形态和位置变化。如果结石引起胆道梗阻或感染，导致胆管炎、胆源性胰腺炎等并发症，或患者出现腹痛、黄疸等症状，应及时进行治疗。治疗方法包括手术治疗和非手术治疗，具体治疗方法的选择应根据结石的部位、大小、数量、患者的年龄、身体状况等因素综合考虑。
需要注意的是，肝内胆管结石的治疗需要专业医生的指导，患者应遵医嘱进行治疗，并定期进行复查。此外，患者在日常生活中应注意饮食卫生，避免食用高脂肪、高胆固醇的食物，避免饮酒，保持良好的生活习惯。