十六岁女孩连续两年月经不规律，可能与以下因素有关：
1.青春期激素变化：女孩在青春期时，下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，导致月经周期不规则。这是正常的生理现象，通常会在一两年内自行调整。
2.生活方式因素：长期的作息不规律、过度节食、剧烈运动、压力过大等，都可能影响下丘脑的功能，导致月经失调。
3.多囊卵巢综合征：这是一种常见的内分泌疾病，主要表现为月经稀发、高雄激素血症、卵巢多囊性改变等。除了月经不规律，还可能伴有多毛、痤疮、肥胖等症状。
4.其他因素：甲状腺功能异常、高泌乳素血症、子宫内膜息肉、子宫肌瘤等也可能导致月经不规律。
对于十六岁女孩连续两年月经不规律的情况，建议及时就医，进行全面的检查，以明确原因。医生可能会建议进行以下检查：
1.盆腔超声检查：了解子宫、卵巢的情况，排除器质性病变。
2.性激素六项检查：了解体内激素水平，判断是否存在内分泌紊乱。
3.其他检查：如甲状腺功能检查、血糖测定等，以排除其他潜在的疾病。
针对不同的病因，治疗方法也有所不同。以下是一些可能的治疗措施：
1.调整生活方式：保持规律的作息时间，避免熬夜；合理饮食，保证营养均衡；适度运动，缓解压力。
2.药物治疗：根据具体情况，医生可能会开一些调节月经周期的药物，如孕激素、雌激素等。
3.对因治疗：如果是多囊卵巢综合征等疾病引起的，需要进行针对性的治疗。
4.心理疏导：对于因压力等心理因素导致的月经不规律，医生可能会给予心理疏导，帮助患者调整心态。
需要注意的是，女孩在月经初潮后的几年内，月经周期可能会不规律，这是正常的生理现象。但如果月经不规律持续时间较长，或伴有其他不适症状，应及时就医。同时，家长和女孩也应该关注月经健康，了解相关知识，避免因害羞等原因而延误治疗。