醒来眼睛肿的原因可能有以下几种：
1.睡前饮水过多：如果在晚上睡觉前喝了太多的水，或者吃了太多的水分含量高的食物，多余的水分会在体内潴留，导致眼睛肿。
2.睡眠姿势不当：如果睡觉时枕头过低，或者趴着睡、侧着睡，导致眼部血液循环不畅，也会引起眼睛肿。
3.过敏：如果对化妆品、洗发水、眼药水等过敏，可能会引起眼部过敏反应，导致眼睛肿。
4.感染：如果眼部受到细菌、病毒或其他微生物感染，可能会引起结膜炎、角膜炎等疾病，导致眼睛肿。
5.肾脏疾病：肾脏是人体的重要排泄器官，如果肾脏功能出现问题，导致水钠潴留，也会引起眼睛肿。
6.心脏疾病：心脏功能不全时，也可能会导致全身血液循环不畅，出现眼睛肿的情况。
7.其他：内分泌失调、系统性红斑狼疮等疾病也可能会引起眼睛肿。
如果发现自己醒来眼睛肿了，可以先尝试调整睡眠姿势、减少饮水量等方法，如果症状持续不缓解或者伴有其他不适症状，如疼痛、瘙痒、视力模糊等，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。