宝宝咳嗽时耳朵疼，可能是由咽鼓管功能障碍引起的。治疗方法如下：1.对因治疗：治疗咳嗽，可在医生指导下使用止咳祛痰药物，如氨溴索、氨溴特罗等
2.对症治疗：缓解耳部疼痛，可使用对乙酰氨基酚或布洛芬等药物。3.其他治疗：保持鼻腔通畅：使用减充血剂滴鼻，减轻鼻咽部黏膜肿胀，促进咽鼓管功能恢复
鼓膜按摩：用手指按压耳屏，做吞咽动作，使空气进入中耳，缓解耳部疼痛
咽鼓管吹张：用波氏球或导管经鼻腔向咽鼓管吹张，可改善中耳通气。
如果宝宝咳嗽耳朵疼的症状持续不缓解或加重，或出现发热、耳道流脓等症状，应及时就医，明确病因，在医生的指导下进行治疗。此外，在治疗过程中，应注意保持耳部清洁，避免水进入耳道，避免用力擤鼻。同时，要注意观察宝宝的病情变化，如有异常，及时就医。