牙根发黑可能是由于以下原因引起的：
1.龋齿：龋齿是牙齿硬组织逐渐被破坏的一种疾病，在龋齿的早期，牙齿的表面会出现黑色的斑点，随着病情的发展，这些黑斑会逐渐扩大，形成龋洞，导致牙根发黑。
2.牙结石：牙结石是由食物残渣、细菌、唾液中的矿物质等在牙齿表面沉积形成的，牙结石会刺激牙龈，导致牙龈发炎、出血，同时也会使牙齿表面变得粗糙，容易吸附更多的细菌和色素，从而使牙根发黑。
3.牙髓坏死：牙髓坏死是指牙髓组织发生炎症或损伤后，由于细菌感染或其他原因导致牙髓组织死亡。牙髓坏死后，牙齿会失去营养供应，变得脆弱，容易出现黑色斑点和牙根发黑的现象。
4.四环素牙：四环素牙是指在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，导致牙齿中的四环素沉积，使牙齿呈现出黄色或棕色的斑块，严重时甚至会导致牙根发黑。
5.氟斑牙：氟斑牙是指在牙齿发育期间，摄入了过多的氟化物，导致牙齿表面出现白色或棕色的斑块，严重时也会导致牙根发黑。
6.吸烟：吸烟会使牙齿表面吸附大量的尼古丁、焦油等有害物质，这些物质会使牙齿表面变得粗糙，容易吸附更多的色素，从而使牙根发黑。
牙根发黑的治疗方法如下：
1.龋齿：如果龋齿还处于早期，可以通过洗牙、补牙等方法进行治疗。如果龋齿已经发展到了晚期，需要进行根管治疗，然后再进行补牙或烤瓷牙修复。
2.牙结石：牙结石可以通过洗牙的方法去除。洗牙是一种有效的口腔清洁方法，可以去除牙齿表面的牙结石、菌斑和色素，同时还可以预防牙龈炎、牙周炎等口腔疾病。
3.牙髓坏死：牙髓坏死需要进行根管治疗。根管治疗是一种通过去除牙髓组织，然后填充根管的方法，以防止感染进一步扩散。
4.四环素牙和氟斑牙：对于四环素牙和氟斑牙，可以通过牙齿美白、贴面修复、烤瓷牙修复等方法进行治疗。
5.吸烟：戒烟是预防牙根发黑的重要措施。同时，还可以通过洗牙、使用漱口水等方法保持口腔清洁，减少色素沉着。
需要注意的是，牙根发黑的治疗方法需要根据具体情况进行选择，如果症状严重，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，保持良好的口腔卫生习惯，定期洗牙、检查口腔健康，也是预防牙根发黑的重要措施。