牙根发黑通常是由于以下原因引起的：
1.龋齿：如果牙齿龋坏，细菌会分解食物中的糖分产生酸，导致牙齿脱矿，形成龋洞，使牙齿表面变黑。
2.牙结石：牙结石是由食物残渣、细菌和唾液中的矿物质沉积在牙齿表面形成的。牙结石长期堆积会刺激牙龈，导致牙龈发炎、出血，还会使牙齿逐渐变黑。
3.牙髓坏死：牙髓是位于牙齿内部的软组织，当牙髓受到感染或损伤时，会发生坏死。坏死的牙髓会分解产生黑色素，导致牙齿变黑。
4.四环素类药物：在牙齿发育期间服用了四环素类药物，药物会与牙齿中的钙结合，形成四环素牙，使牙齿呈现黄色或棕色。
5.吸烟：吸烟会使牙齿表面沉积尼古丁、焦油等物质，使牙齿变黄变黑。
6.其他因素：长期饮用咖啡、茶、红酒等深色饮料，或使用某些含有色素的漱口水、牙膏，也可能导致牙齿发黑。
如果发现牙根发黑，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。如果是龋齿或牙结石引起的，可以通过洗牙、补牙等方法进行治疗；如果是牙髓坏死，可能需要进行根管治疗或拔牙；如果是四环素牙，目前没有特效的治疗方法，可以通过牙齿美白等方法改善外观。
此外，为了保持牙齿健康，建议定期进行口腔检查，每天早晚刷牙，使用牙线和漱口水，少吃甜食和粘性食物，避免吸烟等。