小便尿不干净且伴有疼痛，可能与多种泌尿系统疾病有关，常见的有以下几种。
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还会伴有尿频、尿急、血尿等症状。治疗方法包括使用抗生素（如左氧氟沙星、阿莫西林等）进行抗感染治疗，同时注意多饮水、勤排尿。
2.前列腺炎：多见于男性，可分为急性和慢性两种。除了尿不尽、尿痛外，还可能伴有会阴部、腰骶部疼痛，以及性功能障碍等。治疗方法主要有药物治疗（如前列康、前列舒通等）、物理治疗（如微波、射频等）和手术治疗等。
3.前列腺增生：多见于老年男性，主要表现为尿频、尿急、尿不尽、排尿困难等。病情严重时可能需要手术治疗，如经尿道前列腺电切术等。
4.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可引起尿路梗阻，导致排尿不畅、疼痛等。较小的结石可以通过多喝水、服用排石药物（如肾石通颗粒、排石颗粒等）自行排出，较大的结石需要进行体外冲击波碎石或手术取石。
5.泌尿系统肿瘤：如膀胱癌、前列腺癌等，也可出现尿不尽、尿痛等症状。需要进行影像学检查（如B超、CT、磁共振等）和病理活检等明确诊断，然后根据肿瘤的性质、分期等选择合适的治疗方法，如手术、放疗、化疗等。
总之，引起小便尿不干净且伴有疼痛的原因较多，病情轻重不一。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中应注意个人卫生，多喝水、勤排尿，避免憋尿和久坐，有助于预防泌尿系统疾病的发生。