解剖部位区别
上呼吸道：主要包括鼻腔、咽、喉。鼻腔是空气进入的起始部位，鼻腔内有鼻毛可阻挡部分灰尘等异物，鼻黏膜能分泌黏液湿润空气并吸附灰尘等；咽是呼吸道和消化道的共同通道，分为鼻咽、口咽和喉咽；喉是发声的器官，同时也是空气进出气管的通道，喉中有会厌软骨，在吞咽时会厌软骨可盖住喉口，防止食物进入气管。
下呼吸道：起始于气管，然后逐级分支为支气管、细支气管、终末细支气管、呼吸性细支气管、肺泡管和肺泡等。气管是一个中空的管道，由软骨环支撑以保持气道通畅，支气管进一步分支将空气输送到肺的各个部分，肺泡是气体交换的主要场所，肺泡壁很薄，周围环绕着丰富的毛细血管，有利于气体的交换。
功能区别
上呼吸道：主要功能是对吸入的空气进行加温、加湿、过滤等预处理。例如，鼻腔黏膜内有丰富的血管，可对吸入的冷空气进行加温，鼻黏膜分泌的黏液能使空气湿度增加，鼻毛等结构能过滤空气中的较大颗粒异物等。同时，喉还是发声器官，通过喉部肌肉和声带的运动来发出声音。
下呼吸道：主要功能是进行气体交换。气管和支气管将空气输送到肺泡，肺泡与周围的毛细血管进行气体交换，吸入氧气，排出二氧化碳，以维持人体的正常生理功能。此外，下呼吸道的气道还具有一定的防御功能，通过纤毛运动等将气道内的异物、分泌物等排出体外。
相关疾病区别
上呼吸道疾病：常见的有普通感冒，多由病毒感染引起，主要症状为鼻塞、流涕、咽痛、咳嗽等，一般全身症状相对较轻，病程较短，多数可自行恢复。还有急性咽炎、急性喉炎等，急性咽炎主要表现为咽部疼痛、干燥、灼热等；急性喉炎除了有咽部不适外，还可出现声音嘶哑、咳嗽等症状，严重时可能会导致呼吸困难。
下呼吸道疾病：常见的有肺炎，可由细菌、病毒、支原体等多种病原体感染引起，症状相对较重，除了有咳嗽、咳痰等症状外，还可能出现发热、胸痛、呼吸困难等症状，肺部可闻及湿性啰音等。还有慢性支气管炎，多发生在长期吸烟等人群中，主要症状为慢性咳嗽、咳痰，每年发病持续3个月以上，连续2年或更长时间，病情逐渐进展可导致肺气肿、肺心病等并发症。
年龄因素影响
儿童上呼吸道：儿童的鼻腔相对狭窄，鼻黏膜柔嫩，血管丰富，容易发生感染而出现鼻塞等症状；儿童的咽鼓管较宽、短、直，呈水平位，所以儿童患上呼吸道感染时容易并发中耳炎。
儿童下呼吸道：儿童的气管、支气管较窄，黏膜柔嫩，血管丰富，软骨柔软，因缺乏弹力组织而支撑作用差，黏液腺分泌不足而气道较干燥，纤毛运动较差而清除能力弱，故容易发生感染且易导致气道阻塞。例如儿童肺炎相对较为常见且病情变化较快，需要密切观察。
老年人上呼吸道：老年人鼻黏膜逐渐萎缩，鼻腔的加温、加湿和过滤功能下降；咽喉部肌肉和黏膜松弛，咳嗽反射减弱，上呼吸道的防御功能减退，容易发生上呼吸道感染且病情容易反复。
老年人下呼吸道：老年人的气管、支气管黏膜逐渐萎缩，纤毛运动减弱，肺组织弹性降低，肺泡回缩力减退，导致肺的顺应性下降，通气和换气功能减退，容易发生下呼吸道感染，且一旦发生肺炎等疾病，病情往往较重，恢复较慢。
生活方式影响
长期吸烟人群：吸烟会损害上呼吸道和下呼吸道的黏膜，导致上呼吸道的纤毛运动功能障碍，降低其防御能力，容易引发上呼吸道感染；同时，吸烟会使下呼吸道的气道黏膜充血、水肿，黏液分泌增多，纤毛运动受抑制，肺部的巨噬细胞功能受损，从而增加下呼吸道感染、慢性支气管炎、肺癌等疾病的发生风险。
空气污染环境下生活的人群：无论是上呼吸道还是下呼吸道都会受到影响，空气中的有害颗粒、气体等会刺激上呼吸道黏膜，引起炎症反应；对于下呼吸道，长期暴露在污染环境中会导致气道炎症加重，肺功能下降，增加患肺炎、哮喘等下呼吸道疾病的可能性。
病史影响
有慢性呼吸道疾病病史者：例如本身有慢性阻塞性肺疾病的患者，其下呼吸道的气道已经存在慢性炎症、气道狭窄等病变，当合并上呼吸道感染时，容易诱发下呼吸道病情的急性加重，出现咳嗽、咳痰、气喘等症状明显加重，肺功能进一步下降等情况。
有免疫缺陷病史者：如艾滋病患者等免疫缺陷人群，上呼吸道和下呼吸道的防御功能均下降，容易反复发生各种呼吸道感染，且感染的病原体可能更为复杂，病情往往较为严重，难以控制。