嗓子疼、高烧39°C可能是由扁桃体炎、上呼吸道感染等原因引起的，可采取以下治疗方法。
1.一般治疗：
卧床休息，多喝水，给予容易消化的食物，保持口腔清洁。
高热时，可采用物理降温或药物降温的方法，如使用温水擦拭身体、贴退热贴、口服退烧药等。
2.对因治疗：
细菌感染引起的，可使用抗生素进行治疗，如青霉素、头孢菌素等。
病毒感染引起的，可使用抗病毒药物进行治疗，如利巴韦林、阿昔洛韦等。
此外，还可使用一些清热解毒的中药进行治疗，如双黄连口服液、清开灵颗粒等。
3.对症治疗：
嗓子疼明显时，可使用含片、喷雾剂等缓解症状，如西瓜霜含片、开喉剑喷雾剂等。
高热时，可使用退烧药进行治疗，如对乙酰氨基酚、布洛芬等。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方法应根据病因、病情等因素进行选择。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。此外，在治疗过程中，应注意休息，避免劳累，保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物。