月经不干净的主要原因有以下几点：
1.内分泌失调：
情绪因素：部分女性可能由于第一次同房，出现紧张、害怕等情绪，并且会精神长时间紧绷，甚至影响睡觉等，则可能导致内分泌失调，以及激素分泌异常，此时则有可能出现月经失调的情况。
其他因素：如果女性日常生活中经常熬夜、压力过大等也会出现相关症状，并不一定是因为第一次同房导致。除月经失调外，还会伴有情绪浮动大、面部油脂分泌过多等症状。
2.妊娠：
怀孕：女生第一次同房，如未进行相关保护措施，会有怀孕的可能。当女生妊娠后卵巢会停止排卵，子宫内膜也不会出现增生与脱落，因此会出现停经，导致女生误以为是月经周期异常或推迟。
验孕：此时可自行购买验孕棒或早孕试纸检测，如结果为阳性，建议进一步去医院复查，明确诊断。
3.其他：
妇科疾病：如子宫内膜息肉、子宫肌瘤、子宫腺肌病等，都可能导致月经不干净。
节育环：节育环放置不当或节育环移位，也可能影响月经，导致月经不干净。
药物影响：某些药物，如避孕药、抗抑郁药等，可能会影响月经周期和月经量。
全身性疾病：如血小板减少性紫癜、再生障碍性贫血等血液病，也可能导致月经不干净。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，月经不干净还可能有其他原因。如果出现月经不干净的情况，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。