杞菊地黄丸和明目地黄丸的主要区别在于药物组成和功效的侧重点不同。
杞菊地黄丸是在六味地黄丸的基础上加入枸杞子和菊花而成。其中，六味地黄丸具有滋阴补肾的作用，而枸杞子和菊花则分别具有养肝明目的功效。因此，杞菊地黄丸主要用于治疗肝肾阴虚引起的头晕耳鸣、视力模糊、腰膝酸软等症状。
明目地黄丸则是在杞菊地黄丸的基础上，增加了当归、白芍、蒺藜、石决明等药物，加强了养血、补血、明目退翳的作用。因此，明目地黄丸除了具有杞菊地黄丸的功效外，还适用于治疗肝肾阴虚、精血不足导致的视物昏花、内障目暗、目生翳障等症状。
需要注意的是，虽然杞菊地黄丸和明目地黄丸都是眼科常用的中成药，但它们的适用范围和症状略有不同。在使用时，应根据具体症状选择合适的药物，并在医生的指导下使用。此外，由于这两种药物中都含有熟地黄，因此脾胃虚弱、消化不良的患者应谨慎使用，以免加重症状。