两个月宝宝喉咙有痰能否自愈，需要根据具体情况来判断。如果是生理原因引起的，如喉软骨发育不良，通常可以自愈；但如果是病理原因引起的，如呼吸道感染、肺炎等，则需要及时治疗。以下是具体分析：
1.生理原因：
喉软骨发育不良：宝宝在喉部有一块会厌软骨，在吸气时会厌软骨盖住气管，呼吸时会厌软骨抬起，以保证呼吸通畅。但在宝宝2-3个月时，喉软骨还没有发育好，会厌软骨比较软，吸气时可能会组织气管进入肺部，导致喉咙有痰或呼噜呼噜的声音。这种情况通常在宝宝6个月后逐渐改善，不需要特殊治疗。
呼吸道分泌物增多：宝宝的呼吸道比较狭窄，分泌物容易积聚，导致喉咙有痰。如果宝宝没有其他不适症状，精神状态良好，体重增长正常，可能是正常的生理现象，不需要特殊处理。家长可以给宝宝多喂水，帮助稀释痰液，也可以轻拍宝宝的背部，促进痰液排出。
2.病理原因：
呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较脆弱，容易受到感染，如感冒、肺炎等，导致喉咙有痰。如果宝宝同时伴有咳嗽、发热、呼吸急促等症状，可能是呼吸道感染引起的，需要及时就医，在医生的指导下进行治疗。
其他疾病：除了呼吸道感染，一些其他疾病也可能导致宝宝喉咙有痰，如先天性喉喘鸣、喉乳头状瘤等。这些疾病需要通过医生的检查和诊断来确定，并进行相应的治疗。
总之，如果两个月宝宝喉咙有痰，家长可以先观察宝宝的情况，如果宝宝精神状态良好，体重增长正常，没有其他不适症状，可以先观察一段时间。如果宝宝出现咳嗽、发热、呼吸急促等症状，或者喉咙有痰的情况持续时间较长，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，家长也要注意保持宝宝的呼吸道湿润，避免宝宝接触过敏原，保持室内空气流通等。