食管贲门失弛缓症主要需与以下疾病进行鉴别：
1.食管癌：食管贲门失弛缓症患者后期可因食物潴留，食管扩张，在吞咽困难的基础上可出现胸骨后疼痛或上腹部疼痛，但呈间歇性，服用解痉剂可暂时缓解。食管癌多为进行性加重的吞咽困难，且服用解痉剂多不能缓解，X线或内镜下取活检可鉴别。
2.贲门痉挛：又称贲门失弛缓样综合征，为一种少见的疾病，其吞咽困难与食管贲门失弛缓症相似，但多有胃食管反流症状，X线或内镜下贲门形态正常，测压显示贲门失弛缓症样改变。
3.弥漫性食管痉挛：为食管中下段的环行、不随意的强烈收缩，可使食管呈串珠样改变，导致吞咽困难，常与贲门失弛缓症并存。但弥漫性食管痉挛患者多有胸痛，与情绪有关，食管测压显示食管体部强烈不协调的非推进性收缩，乙酰甲胆碱激发试验可诱发。
4.其他：如纵隔肿瘤、食管癌、食管裂孔疝等可导致食管狭窄，出现吞咽困难，需通过X线、CT、内镜等检查进行鉴别。