头孢胶囊和阿莫西林都是临床上常用的抗生素，都属于β-内酰胺类抗生素，但在化学结构、抗菌谱、作用机制、不良反应等方面存在一些区别。
1.化学结构：头孢胶囊是头孢菌素类抗生素，其母核是由β-内酰胺环和氢化噻嗪环骈合而成；阿莫西林是青霉素类抗生素，其母核是由6-氨基青霉烷酸（6-APA）和氢化噻唑环骈合而成。
2.抗菌谱：头孢胶囊的抗菌谱较广，包括革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、厌氧菌等；阿莫西林的抗菌谱较窄，主要作用于革兰氏阳性菌和部分革兰氏阴性菌。
3.作用机制：头孢胶囊通过抑制细菌细胞壁的合成发挥抗菌作用；阿莫西林通过抑制细菌细胞壁的合成和增加细菌的自溶酶活性发挥抗菌作用。
4.不良反应：头孢胶囊和阿莫西林的不良反应相似，主要包括过敏反应、胃肠道反应、肝功能异常等。但头孢胶囊的过敏反应发生率较阿莫西林高，且严重程度也较阿莫西林重。
5.临床应用：头孢胶囊和阿莫西林的临床应用也相似，主要用于治疗敏感菌引起的感染，如呼吸道感染、泌尿系统感染、皮肤软组织感染等。但由于头孢胶囊的抗菌谱较广，对一些严重的感染，如败血症、脑膜炎等，头孢胶囊的疗效优于阿莫西林。
综上所述，头孢胶囊和阿莫西林的区别主要在于化学结构、抗菌谱、作用机制、不良反应和临床应用等方面。在临床应用中，应根据患者的具体情况选择合适的药物。