眨眼睛的时候眼睛痛，可能与以下原因有关。
1.感染：如结膜炎、角膜炎等，可因细菌、病毒等感染引起。炎症会导致眼睛充血、水肿，从而引起疼痛。
2.干眼症：泪液分泌不足或质量下降，可导致眼睛干涩、疼痛。眨眼时，眼球表面的摩擦会加重疼痛。
3.视疲劳：长时间用眼、近距离工作、电子设备使用过度等，可导致眼睛疲劳、疼痛。
4.外伤：眼部受到外伤，如碰撞、划伤等，可引起眼睛疼痛。
5.其他：倒睫、青光眼、虹膜炎等也可能导致眨眼睛时眼睛痛。
针对不同原因引起的眼睛痛，治疗方法也有所不同。如果是感染引起的，需要使用抗生素或抗病毒药物治疗；干眼症需要使用人工泪液等药物治疗；视疲劳需要注意休息，合理用眼；外伤需要根据具体情况进行处理；其他疾病则需要针对病因进行治疗。
如果眨眼睛时眼睛痛持续不缓解或伴有其他症状，如视力下降、眼红、分泌物增多等，应及时就医，以便明确病因并进行相应的治疗。同时，应注意眼部卫生，避免揉眼，保持充足的睡眠，避免长时间用眼。