眨眼的时候眼睛疼，可能与以下原因有关。
1.感染
结膜炎：细菌、病毒、衣原体等感染结膜后，可导致炎症反应，出现眼红、眼痛、畏光、流泪、分泌物增多等症状。
角膜炎：角膜外伤、感染等可引起角膜炎，导致角膜炎症，出现眨眼时疼痛、畏光、流泪等症状。
麦粒肿：睫毛毛囊或其附属的皮脂腺或睑板腺感染，可形成麦粒肿，表现为红肿、疼痛，眨眼时疼痛加重。
2.外伤
眼部挫伤：外力直接作用于眼部，可导致眼部组织损伤，出现疼痛、肿胀、淤血等症状。
角膜擦伤：异物进入眼睛或揉眼等可导致角膜擦伤，出现眼部疼痛、异物感、畏光、流泪等症状。
3.干眼症
泪液分泌不足或质量下降，可导致眼睛干涩、疼痛、异物感等症状，眨眼时疼痛加重。
长时间使用电子设备、空调环境等可导致泪液蒸发过快，引起干眼症。
4.其他
青光眼：眼压升高可导致眼部疼痛，疼痛可放射至头部，常伴有同侧头痛、恶心、呕吐等症状。
虹膜睫状体炎：眼部炎症可导致睫状充血、疼痛，伴有视力下降、畏光、流泪等症状。
屈光不正：近视、远视、散光等屈光不正可导致眼睛疲劳、干涩、疼痛等症状。
如果眨眼时眼睛疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的眼部检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，应注意眼部卫生，避免揉眼、过度用眼，保持充足的睡眠。对于儿童、老年人、孕妇等特殊人群，眼部问题可能更为复杂，应更加重视并及时就医。