眨眼睛的时候眼睛疼，可能与以下原因有关。
1.感染
结膜炎：细菌、病毒、衣原体等感染结膜后，可引起炎症，导致眼睛红肿、疼痛、分泌物增多，眨眼时疼痛加重。
角膜炎：角膜外伤、感染等可引起角膜炎，导致角膜炎症、水肿，眨眼时可刺激角膜，引起疼痛。
2.干眼症
泪液分泌不足或蒸发过快，导致眼睛表面干燥，眨眼时眼球摩擦，引起疼痛。
长期使用电子设备、佩戴隐形眼镜等，可导致泪液分泌减少，引起干眼症。
3.眼疲劳
长时间用眼，如阅读、使用电脑、手机等，可导致眼睛疲劳，眨眼时疼痛加重。
睡眠不足、压力过大等也可引起眼疲劳。
4.其他
倒睫：睫毛向后方生长，刺激角膜和结膜，引起眨眼时疼痛。
青光眼：眼压升高可导致视神经损害，引起眼睛疼痛，常伴有头痛、恶心等症状。
异物入眼：灰尘、沙子等异物进入眼睛，眨眼时可刺激角膜，引起疼痛。
如果眨眼睛时眼睛疼持续不缓解，或伴有其他症状，如视力下降、眼红、分泌物增多等，应及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。
对于儿童、老年人、孕妇等特殊人群，如果出现眨眼睛时眼睛疼的症状，应尤其重视，及时就医，避免延误病情。此外，在日常生活中，应注意眼部卫生，避免长时间用眼，保持充足的睡眠，避免佩戴隐形眼镜时间过长。如果眼睛出现不适，应避免揉眼，以免加重病情。