两只眼睛肿痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.感染：细菌、病毒或真菌感染都可能导致眼睛肿痛。此外，麦粒肿（睑腺炎）和结膜炎等也可能引起眼睛红肿、疼痛。
治疗方法：如果是感染引起的，医生可能会开处方抗生素眼药水或眼膏来治疗感染。如果是麦粒肿，可能需要切开排脓。对于严重的感染或其他眼部问题，可能需要进一步的治疗。
2.过敏：对某些物质过敏，如花粉、灰尘、化妆品等，可能导致眼睛过敏反应，引起肿痛。
治疗方法：避免接触过敏原是预防过敏反应的关键。如果症状较轻，可以使用冷敷和抗组胺眼药水来缓解症状。如果症状严重，可能需要口服抗过敏药物或就医治疗。
3.外伤：眼部受伤、碰撞或刮擦可能导致眼睛肿痛。
治疗方法：首先，检查眼睛是否有伤口或出血。如果有，应立即就医。如果只是肿痛，可以使用冷敷来减轻肿胀和疼痛。如果症状持续加重或出现视力问题，应及时就医。
4.眼部疾病：某些眼部疾病，如青光眼、虹膜炎等，也可能导致眼睛肿痛。
治疗方法：这些疾病需要专业的眼科医生进行诊断和治疗。如果怀疑有眼部疾病，应尽快就医，以便进行适当的检查和治疗。
5.其他原因：长时间使用电子设备、睡眠不足、过度用眼、干燥环境等也可能导致眼睛肿痛。
治疗方法：改变不良的生活习惯，如保持充足的睡眠、减少电子设备的使用时间、保持眼部湿润等，有助于缓解症状。如果症状持续不缓解或加重，应就医检查。
需要注意的是，眼睛是非常敏感的器官，如果肿痛持续时间较长、症状加重或伴有其他症状，如视力模糊、眼红、分泌物增多等，应及时就医。此外，对于儿童、孕妇、老年人或有眼部疾病史的人群，眼睛肿痛更需要引起重视，及时就医。在就医前，应避免自行使用药物治疗，以免掩盖病情或引起不良反应。
总之，眼睛肿痛可能是多种原因引起的，需要根据具体情况进行诊断和治疗。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便获得适当的治疗。同时，保持良好的生活习惯和眼部卫生，有助于预防眼部疾病的发生。