解剖部位
上呼吸道：主要包括鼻腔、咽、喉。鼻腔是呼吸道的起始部位，有鼻毛等结构可过滤空气中的颗粒；咽分为鼻咽、口咽和喉咽，是空气和食物的共同通道；喉是发声器官，也是上呼吸道的重要组成部分。
下呼吸道：起始于气管，然后逐级分支为支气管、细支气管、终末细支气管、呼吸性细支气管、肺泡管和肺泡等。气管是连接喉与支气管的管道，支气管在肺内不断分支，越分越细，最终到达肺泡。
气体交换相关
上呼吸道：主要功能是对吸入的空气进行过滤、湿润和加温等预处理，并不进行气体交换。例如，鼻腔黏膜可分泌黏液湿润空气，鼻毛能阻挡较大的灰尘颗粒等。
下呼吸道：是气体交换的主要场所。在肺泡处，通过肺泡壁和毛细血管壁进行气体交换，氧气进入血液，二氧化碳排出到肺泡并随呼气排出体外。例如，健康成年人在安静状态下，每分钟约有4-6升的气体在肺泡处进行交换。
防御机制差异
上呼吸道：鼻腔的鼻毛、黏膜分泌的黏液可以捕捉和黏附空气中的病原体和异物；咽部的淋巴组织（如扁桃体等）能参与免疫防御，对进入的病原体有一定的抵御作用。以儿童为例，扁桃体在儿童时期相对较发达，是上呼吸道防御的重要组成部分，但随着年龄增长会逐渐萎缩。
下呼吸道：下呼吸道有较完善的防御机制，如气道内的纤毛运动，纤毛向咽喉方向不停摆动，可将吸入的异物、病原体等排出气道；肺泡内的巨噬细胞能吞噬和清除进入下呼吸道的病原体等。但婴幼儿的下呼吸道纤毛运动相对较弱，巨噬细胞功能也不如成人完善，所以婴幼儿更容易发生下呼吸道感染。
常见疾病差异
上呼吸道：常见疾病有普通感冒，多由病毒引起，主要症状为鼻塞、流涕、咽痛等；急性咽炎、喉炎等也较为常见，症状包括咽部疼痛、声音嘶哑等。对于儿童来说，上呼吸道感染是儿科最常见的疾病之一，每年可多次发生，与儿童免疫系统尚未完全发育成熟以及上呼吸道解剖特点有关。
下呼吸道：常见疾病有肺炎，可由细菌、病毒、支原体等多种病原体引起，症状主要有咳嗽、咳痰、发热、呼吸困难等。例如，社区获得性肺炎中，肺炎链球菌是常见的病原体之一；而在医院获得性肺炎中，铜绿假单胞菌等条件致病菌较为常见。老年人由于机体免疫力下降、呼吸功能减退等原因，下呼吸道感染后病情往往较重，恢复相对困难。