3岁男宝宝阴茎短小可能由以下原因引起：
1.遗传因素：宝宝阴茎短小可能与遗传有关。如果家族中有阴茎短小的成员，那么宝宝也可能受到影响。
2.肥胖：如果宝宝过于肥胖，腹部脂肪堆积可能会使阴茎看起来短小。
3.隐匿性阴茎：这是一种先天性疾病，阴茎体缩藏于体内，凸出外面的只有尖尖的小包皮。
4.发育迟缓：如果宝宝存在其他发育迟缓的问题，也可能影响阴茎的发育。
需要注意的是，在3岁时，宝宝的阴茎还处于发育过程中，不能仅仅根据外观来判断是否正常。如果家长对宝宝的阴茎发育情况非常担忧，或者发现其他异常症状，如排尿困难、疼痛等，应及时咨询医生。医生会进行详细的检查和评估，包括测量阴茎长度、检查睾丸大小、评估激素水平等，以确定是否存在问题，并给出相应的建议和治疗方案。
在日常生活中，家长可以注意以下几点，有助于宝宝的生殖器官健康发育：
1.保持宝宝的外生殖器清洁干燥。
2.避免过度摩擦和刺激阴茎。
3.给宝宝提供均衡的饮食，确保营养摄入充足。
4.不要给宝宝穿过于紧身的裤子。
总之，如果家长对宝宝的阴茎发育有任何疑虑，最好咨询专业医生的意见，以便及时发现问题并采取适当的措施。