跑步时小腿骨头疼可能是由以下原因引起的：
1.过度使用：如果近期跑步频率过高或跑步距离过长，小腿肌肉和骨骼可能会过度疲劳，导致疼痛。
2.姿势不正确：跑步时如果姿势不正确，如过度内旋或外旋、步幅过大等，可能会增加小腿骨头的压力，引起疼痛。
3.肌肉紧张：小腿肌肉紧张也可能导致骨头疼痛。这可能是由于跑步前没有充分热身，或者跑步后没有进行适当的拉伸。
4.鞋子不合适：不合适的跑鞋可能会影响跑步时的脚型和步伐，导致小腿骨头受到不必要的压力，引起疼痛。
5.营养不良：缺乏某些营养素，如钙、维生素D等，也可能影响骨骼健康，导致小腿骨头疼。
6.疾病：某些疾病，如骨膜炎、应力性骨折、关节炎等，也可能导致小腿骨头疼。
如果疼痛持续时间较长或较为严重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。同时，可以采取以下措施缓解疼痛：
1.休息：停止跑步，给小腿足够的时间恢复。
2.冰敷：用冰袋或冷毛巾敷在疼痛的部位，每次15-20分钟，每天数次。
3.拉伸：进行小腿肌肉的拉伸运动，帮助放松肌肉。
4.按摩：轻轻按摩疼痛的部位，缓解肌肉紧张。
5.药物治疗：可以使用止痛药或消炎药缓解疼痛。
6.物理治疗：如超声波、电疗等，可能有助于减轻疼痛和促进恢复。
7.调整跑步计划：适当减少跑步的频率和距离，增加休息时间。选择合适的跑鞋，注意跑步姿势。
此外，保持良好的营养摄入、适当进行热身和拉伸运动、加强小腿肌肉的力量训练等，也有助于预防小腿骨头疼的发生。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如肿胀、畸形等，应及时就医。