跑步后小腿骨头疼，可能是以下原因引起：
1.胫腓骨疲劳性骨膜炎：好发于跑跳过多的运动。病因主要是由于跑跳的动作不协调，使小腿肌肉在胫腓骨的附着点受到过度的牵拉刺激，长期刺激骨膜引起骨膜炎。
2.应力性骨折：如果跑步姿势不正确、地面过硬、跑鞋不合适，或者本身存在骨密度低等情况，都可能导致应力性骨折，从而出现跑步后小腿骨头疼的症状。
3.其他：除此之外，青少年在发育过程中，骨骺出现异常，也会导致小腿疼痛。
如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行相关检查，如X线、CT等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。
在日常生活中，跑步前要充分热身，选择合适的跑鞋，控制跑步的速度和时间，避免过度劳累。如果在跑步过程中出现疼痛，应立即停止跑步，适当休息，并进行冷敷或按摩等处理。如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医。