宫颈囊肿主要是由宫颈腺管口狭窄或阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成。
一、宫颈局部损伤或慢性炎症
长期的宫颈局部损伤，比如分娩、流产、手术操作等使宫颈组织受到损伤，加上慢性宫颈炎的长期刺激，炎症会导致宫颈腺管口发生粘连、狭窄，进而引发宫颈囊肿。例如，有过多次流产经历的女性，宫颈受到反复损伤，患宫颈囊肿的风险相对较高。
二、宫颈腺管堵塞
随着年龄增长，宫颈腺管会发生生理性变化，可能出现腺管堵塞情况。这种生理性的腺管堵塞也可能导致分泌物潴留形成囊肿，这在一些中老年女性中较为常见。
三、特殊病原体感染
某些特殊病原体感染宫颈，如沙眼衣原体、淋病奈瑟菌等感染宫颈后，引发炎症反应，炎症累及宫颈腺管，造成腺管狭窄或阻塞，从而促使宫颈囊肿形成。性活跃的女性，若不注意性生活卫生，感染相关病原体的几率增加，患宫颈囊肿的可能性也会上升。