宫颈囊肿通常是由宫颈腺管口狭窄或阻塞导致腺体分泌物引流受阻、潴留形成。
一、生理性变化引起
宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物潴留形成囊肿，这种多属于生理性改变，常见于育龄期女性，一般无明显症状，多在妇科检查时发现。
二、慢性炎症刺激导致
长期的慢性炎症，如宫颈炎等，会使宫颈组织反复发生充血、水肿，炎性细胞浸润，致使宫颈腺管口狭窄，进而引发宫颈囊肿。这类情况在有宫颈炎症病史的女性中较为常见，炎症持续存在可能会不断加重囊肿情况。
三、损伤因素影响
分娩、流产、手术等造成宫颈损伤，使宫颈腺管口受损，容易发生狭窄或阻塞，从而促使宫颈囊肿形成。比如有过宫颈手术史的女性，相对更易出现宫颈囊肿相关情况，因为手术可能直接或间接影响宫颈腺管的正常结构和功能。
四、年龄与激素影响
绝经后的女性由于体内激素水平变化，宫颈腺管可能发生萎缩等改变，但相对而言因年龄和激素导致宫颈囊肿的情况相对较少见，不过也不能完全排除因激素波动等因素引发的个别情况。年轻女性若激素水平波动较大，也可能在一定程度上影响宫颈腺管状态，增加宫颈囊肿发生几率。