早上起来肾疼的原因有很多，以下是一些常见的原因：
1.肾绞痛：(1)可能是由于肾结石、输尿管结石等引起的。(2)结石移动时可刺激肾盂或输尿管黏膜，引起局部平滑肌痉挛，产生疼痛。(3)疼痛通常较为剧烈，呈阵发性，可向大腿内侧、下腹等部位放射。
2.感染：(1)肾盂肾炎、肾脓肿等感染性疾病可导致肾疼。(2)炎症可刺激肾脏包膜和肾盂、输尿管，引起疼痛。(3)患者可能还会伴有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。
3.肾积水：(1)输尿管结石、肿瘤等原因导致尿液排出受阻，可引起肾积水。(2)积水的肾脏体积增大，牵拉肾被膜可引起疼痛。(3)患者可能会出现腰部胀痛不适。
4.肾肿瘤：(1)肾脏的良性或恶性肿瘤可导致肾疼。(2)肿瘤体积逐渐增大，牵拉肾脏组织或侵犯周围组织时可引起疼痛。(3)患者可能还会出现血尿、腹部肿块等症状。
5.其他原因：(1)过度劳累、剧烈运动后，可出现腰部肌肉酸痛，误以为是肾疼。(2)腰椎间盘突出症、腰肌劳损等也可能引起腰部疼痛，容易与肾疼混淆。
需要注意的是，肾疼可能是多种疾病的表现，也可能是其他部位的疼痛放射至腰部所致。如果出现肾疼，尤其是伴有其他症状时，应及时就医，进行相关检查，如B超、CT、血常规、尿常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，保持良好的生活习惯，如适量饮水、避免憋尿、定期体检等，有助于预防肾脏疾病的发生。