阴茎根部上边隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.前列腺炎/精囊炎：这是男性生殖系统常见的炎症性疾病，可能导致阴茎根部疼痛。此外，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、射精痛等症状。建议及时就医，进行前列腺液常规和超声检查，以明确诊断，并根据医生的建议进行治疗。
2.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致阴囊内温度升高，从而影响精子发生和成熟。患者可能会感到阴囊下坠、胀痛和隐痛，有时可放射到腹股沟和腰部。严重的精索静脉曲张可能影响生育能力，需要及时就医，进行精索静脉超声检查，以明确诊断。对于症状明显或影响生育的患者，可能需要手术治疗。
3.阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜的纤维化病变，使阴茎背侧或外侧出现单个或多个斑块或硬结，可导致阴茎弯曲、疼痛和勃起功能障碍。阴茎硬结症的病因尚不清楚，可能与遗传、损伤、感染等因素有关。对于症状较轻的患者，可以采用保守治疗，如局部热敷、物理治疗等。对于症状严重或影响生活的患者，可能需要手术治疗。
4.附睾炎/睾丸炎：附睾和睾丸的炎症也可能导致阴茎根部疼痛，同时还可能伴有阴囊红肿、发热等症状。附睾炎和睾丸炎多由细菌感染引起，需要使用抗生素进行治疗。
5.其他原因：阴茎根部上方的疼痛还可能与外伤、阴茎龟头炎、尿道结石等因素有关。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体的诊断需要根据患者的具体情况进行综合分析。如果阴茎根部上方的疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。
对于特殊人群，如老年人、糖尿病患者、免疫功能低下者等，阴茎根部上方的疼痛可能提示更严重的疾病，如阴茎癌等。因此，这些人群如果出现类似症状，应更加重视，及时就医，进行全面的检查和治疗。
此外，在日常生活中，应注意保持阴茎部位的清洁卫生，避免过度劳累、长时间久坐、穿紧身内裤等，这些都可能有助于缓解疼痛症状。同时，如果有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和指导。