孕妇扁桃体发炎后，可在医生的指导下选择对胎儿影响较小的药物进行治疗，以下是一些常用药物：
1.青霉素类抗生素：如阿莫西林，对胎儿影响较小，是治疗扁桃体发炎的常用药物。
2.头孢菌素类抗生素：如头孢呋辛酯，也相对安全。
3.清热解毒的中药：如双黄连口服液、蒲地蓝消炎口服液等，具有清热解毒的作用，可缓解扁桃体发炎的症状。
这些药物的使用都需要在医生的指导下进行，医生会根据孕妇的具体情况，如孕周、过敏史、病情严重程度等，权衡利弊后选择合适的药物。
需要注意的是，孕妇在治疗扁桃体发炎时，除了使用药物外，还应注意以下几点：
1.保持口腔清洁，多漱口。
2.多喝水，有助于缓解喉咙疼痛。
3.注意休息，避免过度劳累。
4.饮食应清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。
5.如症状加重或出现发热等不适，应及时就医。
总之，孕妇扁桃体发炎后应及时就医，在医生的指导下进行治疗，同时注意休息和饮食，以促进病情的恢复。