孕期两个月流褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.先兆流产：在怀孕早期，褐色分泌物可能是先兆流产的迹象。这可能是由于胚胎染色体异常、母体激素分泌不足、子宫畸形等原因引起的。孕妇可能会出现阵发性下腹痛或腰背痛，伴有阴道少量流血，血色可为鲜红色或暗红色，有血凝块。此时需要及时就医，医生会进行超声检查、孕激素水平测定等，以确定胎儿的发育情况，并采取相应的保胎措施，如卧床休息、补充孕激素等。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。其中以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，胚胎发育不良，随着胚胎的死亡，常会出现不规则阴道流血，色黯红，量少，一般不超过月经量。少数患者阴道流血量较多，类似月经，阴道流血可伴有蜕膜碎片排出。若发生宫外孕破裂，还会出现一侧下腹撕裂样疼痛，伴有恶心、呕吐，严重时可出现晕厥与休克。一旦确诊为异位妊娠，应立即住院治疗，根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，多发生于生育年龄的妇女，以20岁以下和40岁以上者居多，这可能与卵巢功能不足或衰退有关。停经后阴道流血是葡萄胎的典型症状，多发生于停经后8-12周，出血量多少不定，有时可反复大量流血，类似于流产。B型超声检查可协助诊断，一旦确诊，应及时清宫。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，多发生于已婚妇女。息肉质地脆弱，轻轻触动就会出血，常发生在性生活或妇科检查后。息肉较大时，可表现为白带增多、血性白带或白带中带有血丝。如果孕期发现宫颈息肉，应在孕中期进行摘除，以减少出血和感染的风险。
5.其他：孕期两个月流褐色分泌物还可能与阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等因素有关。
总之，孕期出现褐色分泌物是一种异常情况，需要引起重视。孕妇应及时就医，进行相关检查，如超声检查、激素水平测定等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情愉快，遵医嘱进行产前检查。