如果出现小肚子疼、腰也疼，但是不来月经的情况，可能是以下原因导致：
1.怀孕：如果女性有性生活，且没有采取有效的避孕措施，出现月经推迟、小肚子疼、腰也疼的情况，首先要考虑怀孕的可能。可以通过验孕棒或早孕试纸进行检测，或者到医院进行B超检查和血液检查，以确定是否怀孕。
2.内分泌失调：如果女性长期熬夜、精神压力过大、情绪波动等，可能会导致内分泌失调，从而影响月经周期。此外，一些疾病，如多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，也可能导致内分泌失调，引起月经紊乱。
3.妇科炎症：如盆腔炎、子宫内膜炎、宫颈炎等，也可能导致小肚子疼、腰也疼，同时伴有白带异常、异味等症状。
4.其他：子宫内膜异位症、子宫腺肌病等疾病，也可能导致月经失调、小肚子疼、腰也疼等症状。
如果出现小肚子疼、腰也疼，但是不来月经的情况，建议及时到医院就诊，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意保持良好的生活习惯，避免熬夜、过度劳累，保持心情愉悦，注意保暖，避免着凉。