月经干净三天后同房出血，可能是以下原因导致：
1.子宫内膜未完全修复：月经刚结束时，子宫内膜尚未完全修复，此时同房可能导致尚未修复的子宫内膜再次出血。
2.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、宫颈息肉、子宫内膜异位症等，都可能导致同房后出血。
3.激素水平变化：在月经周期中，激素水平会发生变化，某些情况下，激素水平的变化可能导致子宫内膜不稳定，容易出血。
4.其他因素：如性交过于激烈、使用阴道润滑剂不足等，也可能导致同房后出血。
如果出现这种情况，建议采取以下措施：
1.停止性生活：避免进一步刺激，让子宫有足够的时间修复。
2.注意卫生：保持外阴清洁，预防感染。
3.观察症状：注意出血量、颜色、持续时间等是否有变化，并观察是否伴有其他不适症状，如腹痛、白带异常等。
4.就医检查：如果出血量较多、持续时间较长或伴有其他不适症状，应及时就医，进行妇科检查、B超等检查，以确定出血的原因，并采取相应的治疗措施。
需要注意的是，每个人的情况可能不同，如果对这种情况感到担忧或焦虑，最好咨询医生的意见。此外，定期进行妇科检查，有助于早期发现和治疗潜在的妇科疾病。