小便时有疼痛感可能是以下原因导致：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，通常还会伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。可在医生的指导下使用抗生素进行治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。
2.前列腺炎：男性患者中较为常见，除尿痛外，还可能伴有会阴部、耻骨上区疼痛，以及性欲减退、阳痿、早泄等症状。可使用坦索罗辛、多沙唑嗪等药物缓解疼痛，同时配合物理治疗、前列腺按摩等方式进行综合治疗。
3.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可导致排尿时疼痛，结石较大时还可能出现排尿困难、血尿等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动等方式自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术取石治疗。
4.其他：如尿道口息肉、膀胱癌等也可能导致小便时疼痛。
需要注意的是，尿痛可能是多种疾病的症状之一，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，在治疗期间应注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿，饮食宜清淡，避免食用辛辣刺激性食物。