大便时肛门疼的原因和治疗方法主要包括以下几个方面：
一、肛裂
1.病因：肛裂是肛管皮肤全层纵裂后形成的感染性溃疡，主要与肛管局部缺血、感染等因素有关。
2.病因导致症状的原理：肛管皮肤较厚，血供较差，肛管后中线供血不良，使肛管皮肤抵抗力降低。肛窦炎、肛乳头炎等感染可引起肛乳头肥大，排便时被擦伤，感染也可向肛管皮下蔓延，使肛管皮下形成小脓肿，破溃后形成溃疡。
3.治疗方法：
非手术治疗：急性或初发的肛裂可用坐浴和润便的方法治疗。慢性肛裂可用坐浴、润便加扩肛的方法；经久不愈、保守治疗无效且症状较重者可采用手术治疗。
二、外痔
1.病因：外痔是齿状线以下的痔外静脉丛扩大曲张或反复发炎而成，其表面被皮肤覆盖，不易出血，其形状大小不规则。
2.病因导致症状的原理：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，皮下有扩张的毛细血管，当患者下蹲、排便、咳嗽等腹压增加时，肿物体积增大，呈暗紫色，圆形或椭圆形，触痛明显，有时可伴有全身症状和局部瘙痒。
3.治疗方法：
非手术治疗：患者应注意饮食，忌酒和辛辣刺激食物，增加纤维性食物，多摄入果蔬、多饮水，改变不良的排便习惯，保持大便通畅，便后清洗肛门。对于脱垂型痔，注意用手轻轻托回痔块，阻止再脱出。避免久坐久立，进行适当运动，睡前温热水（可含高锰酸钾）坐浴等。
手术治疗：结缔组织外痔不需要治疗，静脉曲张性外痔可注射硬化剂治疗。血栓性外痔可在局麻下行外痔切除术。
三、肛管及肛门周围炎症
1.病因：常见的有肛门周围脓肿、肛瘘等，炎症可引起肛门局部疼痛。
2.病因导致症状的原理：肛管及周围组织感染可引起局部炎症，导致疼痛。
3.治疗方法：
非手术治疗：使用抗生素控制感染，温水坐浴，保持局部清洁。
手术治疗：对于脓肿形成者，需及时切开引流；肛瘘患者需手术治疗。
四、肛管或直肠肿瘤
1.病因：肛管或直肠的良恶性肿瘤可导致肛门疼痛。
2.病因导致症状的原理：肿瘤生长可刺激或侵犯周围组织，引起疼痛。
3.治疗方法：
手术治疗：根据肿瘤的性质和部位，选择合适的手术方式进行切除。
放化疗：对于恶性肿瘤，可能需要辅助放化疗等综合治疗。
需要注意的是，引起大便时肛门疼的原因较多，以上只是一些常见的病因。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便制定针对性的治疗方案。此外，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于预防肛门疾病的发生。