萎缩性胃炎患者应在医生的指导下使用以下药物：
1.胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，这类药物可以在胃黏膜表面形成一层保护层，减少胃酸对胃黏膜的刺激，有利于胃黏膜的修复。
2.胃酸抑制剂：如奥美拉唑、兰索拉唑等，这类药物可以抑制胃酸的分泌，缓解胃酸对胃黏膜的刺激，有助于改善症状。
3.促胃肠动力药：如多潘立酮、莫沙必利等，这类药物可以增强胃肠道蠕动，促进胃排空，有助于缓解消化不良等症状。
4.消化酶制剂：如胰酶肠溶胶囊、复方消化酶胶囊等，这类药物可以补充消化酶，促进食物的消化吸收，减轻胃肠道负担。
5.根除幽门螺杆菌感染的药物：如果萎缩性胃炎与幽门螺杆菌感染有关，需要使用四联疗法进行根除治疗，即质子泵抑制剂+两种抗生素+铋剂。
需要注意的是，药物的使用应遵循个体化原则，医生会根据患者的具体情况（如病因、症状、年龄、基础疾病等）制定合适的治疗方案。此外，患者还应注意饮食调理，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，戒烟戒酒，保持良好的生活习惯和心态。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以便调整治疗方案。