同房后第三天小腹痛可能是以下原因引起：
1.生理性因素：
同房动作剧烈：同房时动作过于剧烈，可能会导致腹部肌肉拉伤或痉挛，从而引起腹痛。
排卵期：如果同房正好在女性的排卵期，卵子排出后可能会导致轻微的腹痛，这是正常的生理现象。
精液过敏：如果女性对精液过敏，也可能会出现腹痛、阴道瘙痒等症状。
2.病理性因素：
盆腔炎：盆腔炎是女性常见的疾病，主要是由于细菌感染引起的。同房时，细菌可能会趁机进入盆腔，引起炎症，从而导致腹痛。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，同房时可能会导致异位的子宫内膜出血，从而引起腹痛。
黄体破裂：黄体破裂是指排卵后黄体形成的囊肿破裂，出血流入腹腔，引起腹痛。这种情况通常发生在月经中期，与同房无关。
其他：同房后第三天小腹痛还可能与其他妇科疾病、消化系统疾病等有关。
如果腹痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、阴道出血、恶心、呕吐等，应及时就医，以便明确病因并进行治疗。