早上起床眼睛肿痛，可能是由以下原因引起的：
1.睡前饮水过多：夜间身体代谢减缓，过多的水分会滞留在组织间隙，导致眼睛肿胀。
2.过敏：过敏原刺激可引起眼部过敏反应，导致眼睛红肿、瘙痒。
3.感染：如结膜炎、麦粒肿等，可引起眼部炎症，导致红肿疼痛。
4.睡眠不足：长期睡眠不足或睡眠质量差，可导致眼睛疲劳、肿胀。
5.其他：眼部外伤、化妆品残留、药物副作用等也可能引起眼睛肿痛。
针对不同原因引起的眼睛肿痛，治疗方法也有所不同：
1.控制睡前饮水量，避免过多饮水。
2.避免接触过敏原，如花粉、尘螨等，同时使用抗过敏药物。
3.根据感染情况，使用抗生素或抗病毒药物进行治疗。
4.保持充足的睡眠，避免熬夜。
5.注意眼部卫生，避免揉眼，及时清理化妆品残留。
6.如果是眼部外伤或药物副作用引起的，应及时就医。
如果眼睛肿痛持续时间较长或伴有其他症状，如视力下降、分泌物增多等，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。