阴茎起小水泡可能是以下原因：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。感染后会出现簇集性小水疱，很快破溃形成糜烂或溃疡，伴有疼痛。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌感染或药物过敏引起。表现为龟头和包皮内板潮红、肿胀，有时可见小水泡或糜烂，有渗液，伴有瘙痒、疼痛。
3.固定性药疹：是由于使用某些药物引起的过敏反应。常在服药后数小时至数天内，在阴茎、龟头等处出现红斑、小水泡，严重时可出现水疱、大疱，甚至坏死。
4.白塞氏病：一种全身性免疫系统疾病，可累及多个系统和脏器。生殖器溃疡是白塞氏病的常见表现之一，溃疡大小不一，深浅不一，有疼痛。
5.其他原因：如接触性皮炎、梅毒、尖锐湿疣等也可引起阴茎起小水泡。
如果发现阴茎起小水泡，应及时就医，明确诊断，采取相应的治疗措施。同时要注意个人卫生，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。