怀孕初期孕酮低流血且半夜醒来就睡不着，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期孕酮低可能导致先兆流产，出现阴道流血和下腹痛等症状。此外，情绪紧张、焦虑、压力过大等也可能影响睡眠。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，也可能出现阴道流血，常发生在停经后6-8周，并伴有下腹隐痛。
3.其他：除上述情况外，葡萄胎、宫颈息肉、宫颈癌等也可能导致怀孕初期阴道流血。
对于这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如血β-HCG、孕酮、B超等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情舒畅，避免紧张、焦虑等不良情绪。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果出现怀孕初期孕酮低流血且半夜醒来就睡不着的情况，建议及时就医，以确保孕妇和胎儿的健康。