耳根底下疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.耳部感染：如外耳道炎、中耳炎等，炎症可导致耳部疼痛，疼痛可能放射至耳根。
外耳道炎：常因挖耳损伤外耳道皮肤，或洗澡时水分进入外耳道，使细菌滋生感染引起。除了耳根底下疼，还可能伴有耳部瘙痒、灼热感、听力下降等症状。
中耳炎：可由感冒、上呼吸道感染等原因引起，也可因游泳时细菌进入中耳腔导致。除了耳根底下疼，还可能伴有耳部流脓、听力减退、耳鸣等症状。
2.耳部外伤：如耳部受到撞击、挤压等外力作用，可导致耳部软组织损伤或骨折，引起耳根底下疼。
3.颞下颌关节紊乱综合征：颞下颌关节位于耳前方，当颞下颌关节发生紊乱时，可导致咀嚼时耳部疼痛，也可放射至耳根。
4.神经痛：如三叉神经痛、舌咽神经痛等，疼痛可放射至耳部，引起耳根底下疼。
5.其他：如颈椎病、肿瘤等也可能导致耳根底下疼。
如果出现耳根底下疼，建议及时就医，进行详细的耳部检查、影像学检查等，以明确病因，并进行相应的治疗。同时，要注意保持耳部清洁，避免挖耳，避免耳部进水，避免长时间佩戴耳机等。