12岁女孩月经一个月来两次，可能是由于下丘脑-垂体-卵巢轴（HPO轴）尚未发育成熟导致。这是因为HPO轴的功能不完善，不能建立规律的周期性排卵，进而导致月经周期不规律。此外，以下因素也可能导致这种情况：
1.情绪波动：较大的情绪波动，如紧张、焦虑、悲伤等，可能影响大脑皮层，导致卵巢功能失调，出现月经周期紊乱。
2.剧烈运动：过度的运动量，特别是在经期进行剧烈运动，可能会导致身体疲劳，影响卵巢的功能，引起月经不调。
3.营养不良：长期的营养不良，如过度节食、挑食等，可能影响身体的正常发育，导致卵巢功能异常，引起月经不调。
4.疾病因素：某些疾病，如多囊卵巢综合征、甲状腺功能异常等，也可能导致月经周期不规律。
如果12岁女孩出现月经一个月来两次的情况，且持续时间较长或伴有其他不适症状，如腹痛、贫血等，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长应注意孩子的饮食、运动和心理调节，帮助孩子建立健康的生活方式，促进身体的正常发育。