引起蹲下起来膝盖疼痛的原因有很多，可能是正常的生理现象，也可能与外伤、膝关节炎、髌骨软化症、半月板损伤等有关，具体如下：
1.正常的生理现象：如果长时间缺乏运动，或运动量过大，导致膝盖部位的乳酸等代谢产物堆积，可能会引起蹲下起来膝盖疼痛。此外，随着年龄的增长，膝关节会逐渐发生退行性改变，也可能出现蹲下起来膝盖疼痛的症状。
2.外伤：如果膝盖部位受到外力撞击或挤压，可能会导致局部软组织损伤，或引起骨折、脱位等，从而出现蹲下起来膝盖疼痛的症状。
3.膝关节炎：膝关节炎是一种常见的膝关节疾病，可导致膝关节肿胀、疼痛、僵硬等症状。在蹲下起来时，由于膝关节的活动度增加，可能会加重疼痛。
4.髌骨软化症：髌骨软化症主要与髌骨软骨的退变、损伤有关，可引起膝关节疼痛、无力等症状。蹲下起来时，髌骨与股骨髁之间的摩擦力增加，可能会导致疼痛加重。
5.半月板损伤：半月板损伤后，可出现膝关节疼痛、肿胀、弹响等症状。在蹲下起来时，半月板受到挤压和研磨，可能会加重疼痛。
如果出现蹲下起来膝盖疼痛的症状，建议及时就医，进行相关检查，如X线、CT、磁共振成像（MRI）等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，应注意保护膝关节，避免过度劳累、长时间下蹲、上下楼梯等，注意保暖，避免膝关节受寒。