打完疫苗后晚上发烧39°C，可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的感染。以下是可能的原因和处理方法。
一、疫苗的不良反应
疫苗本身是一种抗原，接种后可能会引起身体的免疫反应，导致发热。这种发热通常在接种后1-2天内出现，体温多在38.5°C以下，持续1-2天。
处理方法：
1.观察症状：注意观察体温、精神状态、有无其他不适等。
2.物理降温：可以采用温水擦浴、冷敷等方法降温，如额头敷冷毛巾、腋窝夹冰袋等。
3.多喝水：多喝水有助于补充水分，防止脱水。
4.注意休息：避免过度劳累，保证充足的睡眠。
如果体温持续升高或出现其他不适症状，如头痛、恶心、呕吐等，应及时就医。
二、其他原因引起的感染
接种疫苗后，身体的免疫力可能会暂时下降，此时容易感染其他病原体，如细菌、病毒等，从而引起发热。
处理方法：
1.就医检查：及时就医，进行相关检查，如血常规、C反应蛋白等，以明确病因。
2.针对病因治疗：根据检查结果，医生会给予相应的治疗。如果是细菌感染，可能会使用抗生素；如果是病毒感染，通常不需要使用抗病毒药物，主要是对症治疗。
3.注意护理：保持室内空气流通，注意个人卫生，勤洗手，避免交叉感染。
总之，打完疫苗后发烧39°C可能是疫苗的不良反应，也可能是其他原因引起的感染。如果症状持续不缓解或出现其他异常，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。同时，接种疫苗后应注意观察身体状况，如有不适及时就医。