打完疫苗晚上发烧39度，可能是以下原因引起：
1.疫苗不良反应：部分人群接种疫苗后，可能会出现发烧症状，通常为低热，一般不需要特殊处理，可自行缓解。如果体温超过38.5℃，可遵医嘱服用退烧药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。
2.感染：接种疫苗后，人体免疫力可能会暂时下降，此时如果不注意防护，容易发生感染，如感冒、肺炎等，也会出现发烧症状。此外，接种疫苗的部位如果发生感染，也可能导致发烧。如果是感染引起的发烧，还可能伴有咳嗽、咳痰、流涕、咽痛等症状。需要及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。
3.其他：接种疫苗后，还可能出现一些其他不良反应，如头痛、乏力、恶心、呕吐等，但一般不会出现高热。如果发烧持续不缓解或伴有其他不适症状，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。
需要注意的是，打完疫苗后要注意休息，多喝水，保持接种部位清洁干燥，避免剧烈运动和劳累。如果出现发热等不适症状，要及时就医，并告知医生接种疫苗的情况。此外，接种疫苗后，仍需做好个人防护，如佩戴口罩、勤洗手、保持社交距离等，以预防感染。