大便肛门疼的原因主要有肛裂、痔疮、肛管或直肠损伤、肛周脓肿、肛窦炎等，以下是具体介绍：
1.肛裂：是肛管皮肤全层裂伤后形成的感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。
病因：多由便秘引起，干结的大便通过肛管时，会过度撑开肛管皮肤，导致肛管皮肤裂伤。
原理：肛门后方的肛管比较狭窄，排便时肛管后壁承受压力最大，容易发生肛裂。
2.痔疮：内痔或混合痔发展到一定程度时，可出现内痔脱出或痔核肿胀，脱出的痔核在肛门外受到括约肌的夹持，静脉回流受阻，而动脉血仍不断输入，使痔核体积不断增大，直至动脉血管被压闭，血栓形成，出现痔核变硬、疼痛。
病因：目前认为内痔是肛垫（肛管血管垫）的支持结构、血管丛及动静脉吻合支发生病理性改变或移位。
原理：肛垫内血管垫的病理性肥大、下移是内痔的主要原因。
3.肛管或直肠损伤：肛管或直肠的器械检查或活检，可引起肛门疼痛。
病因：肛管或直肠的器械检查或活检时，可能会导致肛管或直肠黏膜受损，引起疼痛。
原理：器械检查或活检时，可能会对肛管或直肠黏膜造成机械性损伤，导致炎症反应和疼痛。
4.肛周脓肿：是指肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。
病因：主要与肛腺感染有关，也与肛管损伤、肛裂、内痔、药物注射、骶尾骨骨髓炎等有关。
原理：肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦易受损伤或发生感染，引起肛腺炎，感染沿肛腺管蔓延至肛管直肠周围间隙，引起肛周脓肿。
5.肛窦炎：是指肛窦部的急慢性炎症，常并发肛乳头炎。
病因：常因肛裂、痔疮、便秘等引起肛窦部继发感染所致。
原理：肛窦开口向上，易积存粪便而引起感染，以致肛门括约肌痉挛，使肛窦引流不畅。感染不易控制，引起肛窦炎，并向肛门周围间隙扩散，形成肛门直肠周围脓肿。
如果出现大便肛门疼的症状，建议及时就医，明确病因，以便采取相应的治疗措施。