夜间肛门疼痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛门皮下静脉丛破裂或血栓形成，引起外痔发炎，自觉肛门肿胀、疼痛。
3.肛管直肠周围脓肿：起病急，且逐渐加重，患者肛门周围有肿块，疼痛剧烈，还可能出现发热、寒战等全身症状。
4.血栓性外痔：肛门部突然剧烈疼痛，并有暗紫色肿块。
5.内痔嵌顿：多有内痔病史，每当腹压增加、便秘或剧烈活动时，内痔脱出肛门外，不能及时回纳，发生嵌顿，导致局部血液循环障碍，进而出现感染、坏死，引起疼痛。
6.其他：肛门直肠神经官能症、肛管直肠癌等也可引起夜间肛门疼痛。
如果经常出现夜间肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。